Hola Eliana, interesante pregunta...y de compleja y simple respuesta al mismo tiempo...
Prácticamente la totalidad de los organismos procariontes, se encuentran agrupados en el Reino monera. Sólo las archibacterias (extremófilas) estan en un reino aparte (Reino Achae)
Los procariontes (reino Monera) cumplen un papel esencial en todos los ecosistemas. Nosotros no hablamos de este tema pero hay bacterias que forman parte del Plancton, algunas son descomponedoras y sirven de fuente de alimento para el zooplancton, otras como las cianobacterias (algas azul-verdosas) fijan nitrógeno.
En el origen de la vida, recuerden que los primeros organismos fueron procariontes y que los eucariontes actuales, resultan de la endosimbiosis con otros procariontes (teoría endosimbiótica del origen de mitocondrias y cloroplastos).
En los ecosistemas terrestres, las bacterias del suelo son descomponedoras con los hongos y cumplen un papel esencial en la fijacion del nitrógeno (recuerden que el nitrógeno es esencial para la sintsis de compuestos nitrogenados como los aminoácidos).
Muchos animales y plantas tiene relaciones simbióticas con procariontes, como los líquenes y termitas. Sin estas relaciones simbióticas no podrian sobrevivir.
Desde otro punto de vista, las bacterias producen la muerte de millones de seres vivos, debido a infecciones oportunistas, provocadas generalmente por el envejecimiento y debilitamiento de los animales. En resumen si poseemos un sistema inmune, es en gran parte gracias a ellas. Es decir la relación de todos los seres vivos con los procariontes, dirige en cierta forma la evolución.
Para darte otro ejemplo , tenemos el caso de las "fumarolas" o chimeneas hidrotermales, un ecosistema que no depende esencialmente de la luz solar. Son las bacterias las que, toman el lugar de las plantas como productoras primarias. De estas bacterias quimioautótrofas (sintetizan compuestos organicos apartir de los gases liberados ) depende la vida de todo ese ecosistema.
Aqui tiene un video sobre las fumarolas negras:
https://www.youtube.com/watch?v=grdK1A2JrjI
Aqui les dejo otro, sobre teoria endosimbiótica (con otros datos interesantes, como la existencia de eucariontes sin Mitocondrias
)
https://www.youtube.com/watch?v=Np8qUYHqP6I&feature=related
Saludos!